松江清真寺是上海地区历史最悠久的清真寺，又名松江真教寺、云间白鹤寺，其历史可追溯到元至正年间（1341-1368），由郡守达鲁花赤创建，另有一种说法，乃是1295年西域穆斯林纳速拉丁镇守松江时创建。明代初年坍塌，洪武二十四年（1391）朱元璋敕令重建。明清两代进行了多次扩建和整修，但仍保持元、明时期伊斯兰教寺墓合一的传统布置。
寺大门北向，前列照壁嵌有“清妙元真”4个砖篆大字。寺门额上有“敕建”二字，有内照壁，上书“清真寺”，西侧有先贤古墓一座，即元郡守纳速拉丁归葬之处。经甬道，可见龙墙蜿蜒，继续向南即为古碑园，园内现存伊斯兰教碑刻4方，记载了清真寺的历史沿革和明、清修缮经过。古碑园以西即是东西向的主轴线，主要建筑有邦克门楼、礼拜大殿、穿廊、窑殿、南讲堂、北讲堂及水房等，其中邦克门楼和窑殿两处最具特色，将中国传统楼阁形制与阿拉伯圆柱拱顶造型完美结合在一起。
邦克门楼
邦克门楼即宣礼塔，是清真寺召唤穆斯林来礼拜而建的塔楼。始建于元代、重建于明代嘉靖十四年（1559）的松江清真寺宣礼塔非常罕见地采用了门楼形式，屋面为十字脊，内壁为砖拱球顶，下辟门洞作为出入道口。门楼上砖雕精细，其西面门额上嵌有经文：“安拉授意世间建造的第一座清真寺，是麦加的克白尔清真寺。”
礼拜大殿
礼拜大殿坐西朝东，分前、后两殿，由穿廊相连。前殿为明代建筑，内部空间开敞，穆斯林沐浴脱鞋后进入此殿聚礼朝拜真主。后殿为元代建筑，屋顶施重檐十字，内部为砖拱球顶，三面设门，西侧为礼拜朝向之凹壁，由于酷似砖窑，故俗称窑殿，又称无梁殿。
南、北讲堂
清真寺南北设有厢房，分别为讲经堂和咨议堂，它们与邦克门楼、礼拜大殿围合成四合院落，成为整个建筑群的核心。其中讲经堂位于北侧，建于明代，为明代穆斯林少宗伯马自强捐金缩造。咨议堂位于南侧，建于清代，与讲经堂同为松江清真寺历代阿訇向海里发或穆斯林乡老讲授经文、研究教义的场所，亦作为本地穆斯林议事之用。古代穆斯林在清真寺周围聚族而居，讲堂在他们的宗教生活中有重要的作用。南讲堂现已辟为展厅，内设《松江清真寺与上海伊斯兰教》展览，以图文并茂的形式介绍松江清真寺的历史以及上海地区伊斯兰教的概况。
后花园
礼拜大殿南北两侧分别为古墓园和古柏园。古墓园为历代松江回民坟墓，古柏园则以其北侧一株枝叶繁茂的明代古桧柏为核心，配以竹林小径，颇具江南气质，据说明代大将常遇春曾拴马于此。古桧柏左方另有石质井栏的明代古井一口。
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