题主的问题其实是在情理之中的，如果站在个人角度考虑的话。
因为古就有：天子犯法与庶民同罪。所以题主认为即使是国家我的轨道交通，也应该和普通百姓平等，我迟到了你不退票，你迟到了为什么就不应该惩罚呢？
这就升华到一个更大的说法上了，首先你是个体，你对自己负责，但你也是国家的，国家的利益就是你的利益。
因为我们本就从属于这个机制，这个机制不是个体，就是我们每个人，当你对这个机制提出异议时候，对象是谁呢？是你自己，是我们每个人。这样说比较清楚一点吗？
这说的就有点大了。
回到火车的问题，其实题主没有考虑到这点：安全。
据我了解，火车晚点一般都有这么几种原因：
1.制动系统出现故障，需要修理并经过层层检测确保万无一失，才能上路；2.前车阻挡问题，就那么几条轨道，那么多趟火车，如果分开呢，就只有错开时间。如果相差的时间大还没关系，如果只有一两分钟，为了准点，不等前一辆出站就冲进去，结果呢？
个人迟到，你可能因为堵车，睡过头等各种原因，而火车只会因为安全问题晚点，说到底，还是为了确保每位乘客的安全。
这跟经常碰到的飞机晚点一个道理。天上的变化多端，只有确保这条航线“一只鸟”都没有，才会安全载你起飞，总之，一定不会比自己晚点更差！
希望我的解答能解决你的问题。有其他想法也可在下方交流。
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