1、种子不同：裸子植物种子裸露，没有果皮包被，被子植物种子不裸露，包被在果皮之内。2、种子胚数不同：裸子植物大多数种子内有强烈的多胚现象，被子植物种子内通常只有一个胚。3、细胞层数不同：裸子植物根尖顶端多为两层原始细胞，被子植物根尖顶端多为3层原始细胞。
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裸子植物发生发展的历史悠久，最初的裸子植物出现约在34500万年前至39500万年之间的古生代泥盆纪，历经古生代的石炭纪、二叠纪，中生代的三叠纪、侏罗纪、白垩纪，新生代的第三纪、第四纪。从裸子植物产生到21世纪，地质气候经过多次重大变化，裸子植物种系也随之多次演变更替，老的种类相继灭绝，新的种类陆续演化出来，种类演替繁衍至今，现代的裸子植物有不少种类是从约250万年前至6500万年之间的新生代第三纪出现的，又经过第四纪冰川时期保留下来，繁衍至今。
被子植物是当今世界植物界中最进化、种类最多、分布最广、适应性最强的类群。现知全世界被子植物共有20多万种，占植物界总数的一半以上。裸子植物门是植物界的1门，既是颈卵器植物，又是种子植物，它们有胚珠，但心皮不包成子房，且胚珠裸露，胚乳（即雌性原叶体）在受精前已形成。
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