确切说，消失的只是玛雅文明，而不是玛雅人。
玛雅文明的消失是比较蹊跷的：原本它是美洲三大文明中最为发达的，也是唯一进入文字时代的，但它却早在欧洲人抵达之前就已经衰落，西班牙人看到的，仅仅是最后一点余烬而已。
玛雅文明最著名的城邦，如科潘、蒂玛尔、卡拉特穆尔、帕伦克、多斯皮拉斯，都是差不多在公元3-5世纪进入全盛期，9世纪突然断片的，而另一些崛起较晚的城邦，如奇琴伊察、科巴、基里瓜，则是在12世纪进入原地踏步阶段，至15世纪西班牙人到来时城市仍然存在，但已基本丧失活力。
蒂玛尔和卡拉特穆尔城邦遗址
之所以出现这些问题，几百年来学术界争论不一，从考古学和人类学成果看，主要有以下几点原因。
第一，文明发展不均衡。
玛雅文明在艺术、医学、历法、建筑学、天文学等方面发展特别发达，而在另一些更具实用性的技术上则非常落后，比如他们始终不能冶炼青铜，不掌握弓箭和车轮，即便文明最发达阶段，打仗的模式也是拿着石头、木棍互殴，甚至用牙咬，其农业也是如此，一方面掌握了许多农作物的种植技巧，另一方面这些技巧又长期发展停滞，单产极低且靠天吃饭。
这样的文明，其发展和再生产能力都是极为低下和脆弱的。
考古研究发现，早期（南玛雅时期）许多玛雅城邦都经历了人口急遽膨胀-城邦无法负荷-崩溃回到起点的大起大落阶段，或因城邦无法负担如此众多人口，而陷入与相邻城邦的混战，最后同归于尽的（如蒂玛尔和卡拉特穆尔就是这样一对欢喜冤家）。
玛雅象形文字，只有极少数祭司能够掌握
第二，神权的一家独大。
因为过于依赖大自然，神权和神秘主义长期占据支配地位，而世俗贵族和行政长官的权威极为有限，这种模式一方面制约了生产和军事组织的复杂化、大型化，从而令更发达的社会这一文明进步的基础不甚牢固，另一方面，祭司阶层垄断了文字，导致起点不低的玛雅文明长期陷入小圈子的自娱自乐，难以得到充分发展和持续进步，更要命的是，这种宗教对语言、文字的垄断，导致本已衰落的玛雅文明在受宗教裁判所狂热驱使下的西班牙殖民者到来，并大肆消灭异教徒，杀害祭司和毁灭文字、遗迹后，遭遇类似刨祖坟式的彻底摧毁。
不仅如此，因为神权的绝对控制，不论前期（南玛雅时代）或中后期（北玛雅时代），玛雅各城邦都热衷于相互混战，并将几乎所有捕获的人口用于杀戮祭神，人们通常都谴责奴隶制的残暴，但奴隶制再残暴，大多数俘虏也仍然活着，奴役他们的同时，客观上也保留了宝贵的劳动力，并使之成为发展的动力，而这种没完没了以抓人当祭品的战争，却徒然消耗彼此的生产力，最终的结果只能是在长期停滞不前后，因生存链条的崩溃而突然崩盘。
第三，由于第一、第二条原因，玛雅文明不同于印加的大一统帝国，甚至也比不上离他们并不远的阿兹特克人，始终是一盘散沙的一堆小城邦，或互殴至死，或自生自灭，这种状态不仅不能抵御外敌（事实上南玛雅的整体衰落和被赶到贫瘠的尤卡坦半岛，和高原干燥地带崛起几个大型部落联盟有关，后者的文明度要逊色得多，但他们的部落和社会发展程度却远胜过玛雅人）。
第四，和其它美洲乃至世界古代文明大多发源于江河水源之滨不同，玛雅文明是在茂密的热带雨林中发展起来的，这样的文明一开始占很多便宜，比如不会遭遇水患，不必到处搬家（因此玛雅文明并没有其它许多文明都有的大洪水传说），可以就地长期发展等，但一旦到了一定阶段，就会因缺乏水源而难以增加农业产量，从而被迅速膨胀的人口挤垮。
羽蛇神，玛雅人众多神祗之一
第五，前面也提到，正处于驱逐摩尔人后天主教狂热阶段的西班牙人成为玛雅故地殖民者，如果说他们对曾与之结盟的某些墨西哥高原部落联盟的文明还多少手下留情的话，对于在他们看来异端到令人发指的玛雅人，他们可是屠杀到毫不手软的，屠杀的主要对象是异端来源——祭司阶层，而玛雅的文化成果、文字、历史和历法算法，却完全集中于这个为数极少的人群，结果可想而知。
事实上玛雅文明的这些问题，其它美洲文明也不同程度存在，如印加帝国同样是某些方面高度发达、某些方面高度落后的奇怪混合体，这和美洲与其它大洲隔绝，甚至不同文明间也缺乏互动，因此难以取长补短，恐怕有一定关系，而这种隔离式文明的不均衡和脆弱，让它们难以抵御外来入侵者的任何病菌——这既包括看不见的病菌，包括屠杀和文化清洗，也包括看得见的病菌，如天花和流感。
但玛雅人并未灭绝，墨西哥的尤卡坦州和恰帕斯州，自称玛雅人的土著人占比仍然过半，中美洲国家伯利兹也有约40%国民自称，玛雅人，说玛雅系的方言。
只不过这些人除了口语外几乎不掌握任何祖先的文化遗产，他们中最优秀、对自己祖先文明最好奇的佼佼者，也要通过西班牙语或英语的书籍，才能多少了解一些玛雅祖先的荣光。
今天居住在墨西哥尤卡坦州的玛雅人
当代玛雅人在中美洲的分布情况
当代玛雅人的旗帜
子认为：其实人类文明是分各纪层的。
每一个纪层的规律是：
第一阶段：原始社会，从有意识使用工具到掌握使用工具。
第二阶段：形态社会，从物质生活到精神生活的发展阶段。
第三阶段：科技社会，从工具的再升级向拟人拟物系统方向发展阶段。
这个阶段是升级幅度最大、也是升级速度最快的阶段。
第四阶段：智慧社会，从物质技术化到思维实控化、智能化，智识的独立性，实现人体复制或设计制造，后期智识可以实现类似虚拟现实的程序化、真实化，甚至于时间化。
智识面前的世界可设计、可替换、可以进行任何操作，真正达到随心所欲的状态。
第五阶段：终极社会，因为每个人，或者说每一个智识都开放全部功能，可以自己创造、设计自己的世界，不生不灭，无趣之极。
寗子认为：于是乎，纠合一群人（智识）创造一个被限制的空间，在里面开始一段程序，这段程序的场景叫做宇宙，然后从第一阶段又开始，逐渐发展、发展………直至第五阶段。
然后终结，又开始一个新的纪层，不断的周而复始循环着。
而玛雅文明就是以前某个纪层遗留下的记忆碎片，不存在消失不消息的问题。
类似的记忆还有很多很多，以我们的智识能力未必能够识别，也没有必要去识别。
我们即不知道每一个纪层的开始和终结时间，也不知道经历了多少个纪层。
就像电脑里的文件夹一样，无数个文件夹里有无数个文件，彼此可能相似，也可能完全没有相同，但是，各自或许同时或许不同时间存在着。
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