一、通过基因培养观测 基因分析是目前用来进行生物分类和判断的好工具。我们星球上大部分的物种并非日常所见的动植物，而是看上去像是一个个单一细胞的低等生物体，如果要判断它们在演化树上处于什么位置，生物学家们需要在实验室里培养它们，等有了足够的DNA后再进行基因分析。但艾森表示，这里的问题是，这些物种的绝大部分，差不多占所有物种的99%，都没法在实验室里被培育，&“它们就像是生物宇宙里的暗物质。&” 为了探寻生物的&“暗物质&”，艾森展开了和世界上最出名的私人基因研究所&—&—文特尔研究所的合作。对于这项探究&“暗生物&”的挑战，他和他的同事们采用了一种现在很前沿的研究方法，叫做&“宏基因组学&”(微生物环境基因组学)进行研究，传统的微生物基因序列分析需要在实验室里培养微生物，但用宏基因组学，可以直接从环境样品中提取全部微生物的DNA，那就可以避开有的微生物很难在实验室里培养的难题。艾森表示，加上这种方法，无论是环境中采集的还是实验室里培养的，现在没有DNA序列是测不出来的。 这个发现十分惊人，其可能改写从上世纪90年代以来延续的主流生物分类学法。研究是加州大学戴维斯分校基因中心的艾森(JonathanEisen)领头所做。他与同事们提取了一部分海洋水样本中的DNA进行分析，发现这些样本基因序列十分不同寻常，和人们平时所知的细胞生物似乎关系非常疏远，完全像是来自另外一个全新的生物域。 二、假设迷雾重重 在此次研究中，艾森和文特尔提取了&“全球海洋取样考察&”(GlobalOceanSamplingExpedition)中采集的海水样品，通过宏基因组学分析，发现其中有一些基因序列和此前所知的彻底不一样，无论如何也放不进现有的演化树中。 &“问题是，它们是哪儿来的？&”艾森说。目前还没有一个科学家能够解答得了，这些基因不知道到底是属于什么生物。不过，艾森表示，现在出现了两种假设，一种是这些基因序列来自一些很与众不同的病毒，而另一种假设则更为令人惊讶，这些神秘的基因序列或许代表着生命树上一个完全崭新未知的分支。 这个假设是十分大胆的，生物学界一些人表示激动，但也有一些人认为现在就谈生命的&“第四维度&”为时过早。如加拿大渥太华麦克马斯特大学的生物学家古普塔(RadheyGupta)说，尽管这个发现很有意义，但还是得小心下结论才行，因为可能有更多的解释，比如，这些基因序列可能来自一些生活在独特的环境中的细胞生物，有的环境可能导致生物的基因发生迅速的演变，这就有可能给做基因分析的科学家带来错觉，以为这是在很早很早以前就和其他生物分家了的&“新&”的生命形式。 &“现在生物是否分成三个域，或者这三个域之间的生物是怎么相互联系的，这些都还有着很大的分歧。&”古普塔说，&“如果再加上对第四个域的讨论，只会让人们更加困惑。&” 不过，法国巴黎第六大学科学家巴普苔丝特(EricBapteste)的回应则更积极一点：&“事实就是基因是非常多样的，而且毫无疑问其中的大部分我们都是未知的，要设想还有一个全新的生物域在那儿这也是合情合理的。&” 三、演化树面临再次重写 研究接下来的一个工作就是要更进一步地确定这些序列的来源，将寻找这些基因到底是突然变异的还是从另一个奇怪的&“维度&”来的。对这些样本的进一步分析，还可以确定这些神秘的基因序列到底属于什么生物体。 假设艾森等人的进一步工作发现，这些基因序列的确是来自一个全新的生物域，那生物演化树将再次被推翻重写。 艾森介绍说，到上世纪90年代之前，演化树上只有两个分支：一个是真核生物，包括动物、植物、真菌和一些奇怪的生物形式，比如黏液菌；而没有被列入真核生物的，则被称为&“其他所有一切生物&”。随着基因分析技术的进步，上世纪90年代后，科学家发现，所谓的&“其他所有一切生物&”并不能笼统地归在一起，它事实上有两个完全不同的域：细菌和古菌。 即使这样，生物学家对演化树如何来画依旧是分歧多多，还有不少存在争议的生物，比如拟菌病毒，这是目前所知的最大的病毒之一，有人就认为其应该单独代表一个新的域，它里面带有很多在细胞生物中才有的基因，所以不应该看成是病毒。&“如果你把这些拟菌病毒看成是第四个分支，那我们的序列或许代表着第五个分支，只不过现在我们都还不知道而已。&”艾森说。
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