作为甘肃最重要的史前遗存之一，永昌鸳鸯池遗址考古发掘，揭示了人类早期社会生活的诸多历史信息。
但是，鸳鸯池遗址还有一些未解之谜，吸引着考古工作者不断探索研究。
谜题之一
没有现代钻孔工具，石臂筒是怎样制作的？出土于M127，国家一级文物。
直径8.7厘米、长16厘米。
戴在右肱骨上，白云石制作。
石质坚硬，通体磨光。
有裂缝曾修补过，在裂缝两边钻有对称小圆孔10个。
手镯类装饰品？护腕类军事装备？有待考证。
谜题之二
永昌先民制作石雕人面像，是干什么用的？出土于M51，国家一级文物。
高3.9厘米，宽2.6厘米，用白云石磨成椭圆状，用胶质物将白色骨环镶嵌成人的口、鼻和双眼，造型质朴，神态端庄。
顶端有一圆孔，可系绳佩戴，出土时置左臂上。
护身符？萨满巫师通灵法器？有待考证。
谜题之三
永昌先民制作了众多的双孔石刀，到底是干啥用的？系绳双孔石刀摘穗推测示意图
双孔石刀，农具，用于收割谷物等。
使用方法：可能用绳子通过打出的孔绑在使用者的手上，用于收割谷物或是切割各种细长的物体；也有可能用绳子绑在附带的木柄之上，延伸使用的范围。
功用有待进一步考证。
谜题之四
永昌先民在这件筒状杯腹鋬上刻画人面，是想表达什么？单耳筒形杯在马厂类型中很罕见，半山类型中有这种器物，但多是圆鼓腹，器身矮，直筒形的则少见。
永昌鸳鸯池遗址出土单耳筒形杯，种类和数量较多，部分下腹部有鋬，方便提拿，成为鸳鸯池彩陶的显著特色。
这件方折网纹单耳彩陶筒状杯腹鋬上刻画罕见人面，眼鼻口清晰可辨，含义不明。
谜题之五
这件筒状杯，流口这样低，怎样盛水？永昌鸳鸯池遗址出土众多单耳筒形杯，腹鋬多为实心，这件方折纹单耳腹流彩陶筒状杯，空心，通腹腔，似壶嘴。
但流口位置过低，怎样盛水？还是有其他用途？有待考证。
谜题之六
刻符红陶盘、盅，是永昌先民喝酒的酒具？还是有其他用途？一盘九盅，出土时即为一套。
底部内外均有不同的刻划，有╳&<形等。
与西安半坡发现的符号有相似之处。
一种观点认为盛酒的小陶杯，属于中国最早的酒具。
说明当时的谷物除了供人们食用外，可能还用来酿酒。
另一种观点认为，当属绘制彩陶时盛放颜料的器具。
有待考证。
谜题之七
卦形纹彩陶钵可以看做是伏羲画卦的雏形吗？高11.5厘米，腹径18厘米。
敞口、口沿外翻，弧壁内向，折腹下收、平底。
腹部施黑彩。
对称的双乳突鋬。
在红色陶衣上绘黑彩，钵外壁绘卦形纹六组。
口内绘垂弧纹，器型别致，地域特征明显。
彩陶钵绘有卦形纹六组，与文王演易的卦爻十分相似，是否可以看做是伏羲画卦的历史见证。
有待考证。
谜题之八
这件彩陶盘与现如今的陶火锅十分相像。
但是盘内施彩绘，显然不是用来盛放食物的。
那它究竟是干什么用的？
永昌鸳鸯池遗址出土回形网纹四耳彩陶盘，内壁绘有纹饰，用途不明。
谜题之九
折带网线纹彩陶鸟形壶，将陶壶做成鸟形，为我们传递了怎样的历史信息？高9.5厘米。
器呈鸟形，口斜偏于一侧，微敞；葫芦形短颈，颈下有一乳突形象征嘴；口沿处有一耳，鼓腹，平底，身后有小尾。
全身饰方格、宽带纹。
通过这件鸟形壶，是否可以推测4000多年前的金川河流域，水草丰美、禽鸟云集，永昌先民聚居区域生态环境优越？有待进一步考证。
谜题之十
中学教科书上的彩陶罐，是永昌鸳鸯池遗址出土的吗？人民教育出版社出版的初中七年级上册《数学》课本，第四章几何图形初步•几何学的起源，记述在新石器时代的陶器上，已出现圆、三角形、正方形等基本图形，以及更复杂的对称几何图案、等分圆周花纹等，以此表明早期人类已拥有了丰富的几何学知识，并举例斜方格纹彩陶罐，标明1973年甘肃出土。
关于这件斜方格纹彩陶罐，一种说法是出自永昌鸳鸯池遗址，另一种说法是出自广河地巴坪遗址。
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