咖啡在植物学中属于双子叶植物纲（Magnoliopsida），龙胆目（Gentianales），茜草科（Rubiaceae），咖啡属。咖啡属下有差不多66种木本植物。但是标准意义上属于“咖啡”的只有三种：阿拉比卡（Arabica），罗布斯塔（Robusta）和利比里亚（LIberica）。
阿拉比卡：又被称为小粒种。名气最大，种植最广泛的咖啡种类，大概占总量的70%左右。原产于埃塞俄比亚，经阿拉伯传入欧洲而得名阿拉比卡。阿拉比卡是精品咖啡的代名词，其风味也是三种咖啡里最佳的，但是相应的产量和抗病虫害能力较弱，现在的咖啡馆所制作的高档咖啡基本上全部使用阿拉比卡咖啡豆。
罗布斯塔：又被称作中粒种。严格意义上罗布斯塔种应属于甘弗拉种（Canephora），但是现在商业化的仅有罗布斯塔。原产于非洲刚果，生命力和抗叶锈病能力强。同时产量和咖啡萃取物也高，咖啡因含量甚至在阿拉比卡的2倍以上。但是风味普遍逊色于阿拉比卡。现多用于制作速溶咖啡，平时我们买到的袋装雀巢或者麦斯威尔速溶咖啡都是罗布斯塔的豆子。
利比里亚：又被称作大粒种。生命力极强，但同时风味，抗叶锈病能力均弱，已经基本退出商业市场，多做科学研究保存，种植量不足百分之一。
从上面可以看出，目前商业化的咖啡种类只有阿拉比卡和罗布斯塔，而罗布斯塔又基本仅用来做速溶（当然越南也有用罗布斯塔制作精品咖啡的），所以有详细说明价值的仅有阿拉比卡种，下面的各个种类便全是阿拉比卡种的（或阿拉比卡与罗布斯塔的杂交种）：
帝比卡（Typica）：最接近阿拉比卡原生种，广泛栽种于中南美洲。风味绝佳，但不耐叶锈病，产量低，需要相当多的遮荫树木。所以现在主要种植的咖啡多为帝比卡的改良种。
波旁（Bourbon）：帝比卡突变的次种，与帝比卡同为最古老的咖啡种之一。因帝比卡在移植过程中于印度洋的波旁岛（现留尼汪）突变而得名。收成较帝比卡稍高，颗粒小且浑圆，中央线呈S形。
卡杜拉（Caturra）：在巴西发现的波旁突变种，产量大，品质高，抗叶锈病，但是种植成本也较高。多产于中高海拔地区，酸味与涩味都比较强。
蒙多诺渥（Mundo Nove）：直译名为新世界，波旁与苏门答腊的自然杂交种，环境适应能力强，抗病虫害，产量也较高。缺点是树高较高，不适合采收机采收。蒙多诺渥酸味与苦味平衡，现为巴西的主要种植品种。
卡杜艾（Catuai）：卡杜拉和蒙多诺渥的杂交种，杂交的原因就是蒙多诺渥树高过高，故与树高低的卡杜拉杂交。卡杜艾产量高，环境适应能力强。但是采收寿命短，味道单调且缺乏醇厚度。
阿玛雷欧（Amarello）：名称原意为“黄色”，因为一般咖啡果实成熟后是红色，而阿玛雷欧成熟后果实呈黄色，故得此名。产量较高。
帝莫（Timor）：阿拉比卡与罗布斯塔的杂交种，抗叶锈病能力强。（名字的原意是帝汶岛，和提莫队长没什么关系。）
卡帝莫（Catimor）：从名字就可以看出，是帝莫和卡杜拉的杂交种。卡帝莫是目前商业用品种中产量最多的品种，果实较大，环境适应能力强，但在高海拔种植的情况下，风味逊于波旁和卡杜拉等品种。
马拉戈吉佩（Maragogype）：帝比卡突变种，豆子颗粒大。味道较贫乏但卖相很好看。
肯特（Kent）：帝比卡的杂交种，产于印度，产量高，抗叶锈病。
变种哥伦比亚（Variedad Colombia）：卡帝莫和卡杜拉的杂交种，抗病性好，产量也高，且不需要遮荫树种，是哥伦比亚目前的主要种植品种。
虽然咖啡豆的种类十分繁多，但实际从口味上并不能区分，又因为咖啡的口味受产地，精制方法，烘焙度的影响很大，强行讲究种类并没有什么意义。在购买咖啡豆的时候，只需要重视以产地划分的类别（比如曼特宁，科纳，耶加雪啡之类），以及烘焙度就好。最后放一张田口护的《咖啡品鉴大全》中的咖啡品种分类图吧，这是我目前见到过的最全的咖啡分类图。这篇答案的主要内容也来自这本书。
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